Programul pentru Europa de Sud-Est este creat pentru dezvoltarea de parteneriate transnationale in chestiuni de importanta strategica, pentru a imbunatati procesul de integrare teritoriala, economica si sociala si pentru a contribui la coeziune si competitivitate in regiune. In acest scop, Programul este indreptat spre realizarea de proiecte cu caracter strategic  de inalta calitate, orientate spre rezultate relevante pentru zona de cuprindere a programului.
 
Axa prioritara 1 : Facilitarea inovarii si a antreprenoriatului. Arii de interventie:
1.1. Dezvoltarea retelelor tehnologice si de inovare in domenii specifice
1.2. Dezvoltarea mediului propice antreprenoriatului inovativ
1.3. Imbunatatirea conditiilor cadru si deschiderea drumului spre inovare

Axa prioritara  2: Protejarea si imbunatatirea mediului ambiant. Arii de interventie:
2.1. Imbunatatirea managementului integrat al apelor si preventie  in caz de risc de inundatii.
2.2. Imbunatatirea preventiei in cazuri de risc de mediu
2.3. Promovarea cooperarii in managementul resurselor naturale si a zonelor protejate.
2.4. Promovarea eficientei energetice si a resurselor.

Axa prioritara  3: Imbunatatirea accesibilitatii. Arii de interventie:
3.1. Imbunatatirea coordonarii in promovarea, planificarea si operarea retelelor de transport primare si secundare
3.2. Dezvoltarea strategiilor pentru abordarea problemei diferentelor de nivel de dezvoltare in domeniul comunicatiilor
3.3. Imbunatatirea conditiilor cadru pentru platforme de transport multimodal

Axa prioritara  4: Dezvoltarea sinergiilor  transnationale pentru zonele de dezvoltare durabila. Arii de interventie:
4.1.Abordarea problemelor cruciale care afecteaza  zonele metropolitane si sitemele regionale de asezari
4.2. Promovarea unui model echilibrat de zone de dezvoltare atractive si accesibile
4.3. Promovarea utilizarii valorilor culturale pentru dezvoltare

Zona de cuprindere
Programul pentru zona Sud-Est Europeana include 16 tari. Pentru 14 tari zona eligibila este intreg teritoriul: Albania, Austria, Bosnia si Hertegovina, Bulgaria, Romania, Croatia, FYROM, Gracia, Ungaria, Serbia, Muntenegru, Slovacia, Slovenia si Republica Moldova. Pentru doua tari sunt eligibile numai anumite regiuni: pentru Italia este vorba de: Lombardia, Bolzano?Bozen, Trento, Veneto, Friului-Venetia-Giulia, Emilia Romagna, Umbria, Marche, Abruzzo, Molise, Puglia Basilicata, iar pentru Ucraina: regiunile Cjernovetska, Ivano-Frankivska, Zakarpatska, Odessa.