Activitatea stiintifica - departamente de cercetare:
— Departamentul Oceanografie, Inginerie Marina si Costiera: Colectiv Oceanografie Fizica; Colectiv Oceanografie Chimica; Colectiv Tehnologie Marina; Colectiv Inginerie Costiera;
— Departamentul Ecologie si Protectia Mediului: Colectiv Ecologie Marina; Colectiv Radioecologie Marina; Colectiv Biochimie si Ecofiziologie;
— Departamentul Resurse Marine Vii: Colectiv Ihtiologie - Resurse Marine Vii; Centrul Regional de Activitate pentru Pescuit; Colectiv Acvacultura - Reconstructie Ecologica;

Activitatea de cercetare - departamente suport:
— Departamentul Marketing, Management Programe, Secretariatul Comitetului National Roman de Oceanografie; Secretariatul Tehnic Permanent al Comitetului National al Zonei Costiere
— Departamentul Economic, Financiar - Contabilitate: Birou Financiar - Contabilitate, Analize Economice, Contracte; Compartiment Aprovizionare, Administrativ, Arhiva
— Departament Tehnic: Compartiment Inventica, Asigurarea calitatii; - Biblioteca; Editare periodic Cercetari Marine; Centrul de Formare profesionala B.EN.A/ INCDM Compartiment Nave, Atelier Intretinere, ISCIR; Compartiment Auto; Compartiment Investitii; PSI, Protectia Muncii;