Sectorul de cercetare - sectiile Sisteme de Agricultura Durabila si Imbunatatirea Germoplasmei structurate pe:
— laboratoarele Managementul apei si nutritiei plantelor, Protectia culturilor si a mediului, Calitatea si securitatea productiei agricole, Fiziologia formarii recoltei si raspunsul la stres, Genetica si genomica, Imbunatatirea germoplasmei la plantele autogame, Imbunatatirea germoplasmei la plantele alogame;
— colective de cercetare, grupate in functie de diferitele specii de cultura, precum si pe domenii de activitate distincte;
— alte colective: Secretariat stiintific si oficiul publicatii, Oficiul de calcul, Extensie si consul-tanta, Mecanizarea campurilor experimentale, Centrul Agroecologic de Cercetare, Inovare si Transfer Tehnologic.

Sectorul de dezvoltare - 6 ferme vegetale de producere de seminte, Statii procesare seminte.

Compartimente specializate: contabilitate, audit si control intern, resurse umane, salarizare si protectia muncii, marketing, aprovizionare, mecanizare, energetic si administrativ.
Organul de conducere a unitatii este Consiliul de Administratie a carui structura este in conformitate cu reglementarile prevazute pentru institutele nationale.
Conducerea operativa este realizata de Comitetul de directie (Director general, director stiintific, inginer sef, contabil sef).