Conducerea administrativa este asigurata de Consiliul de Administratie format din 9 (noua) persoane, a carui presedinte este Directorul General al Institutului.
Conducerea stiintifica este asigurata de Consiliul stiintific.
Conducerea executiva este asigurata de Comitetul de directie si Directorul General al Institutului.
Institutul are in structura organizatorica 3 directii, dupa cum urmeaza:

Directia stiintifica:
— Compartimentul de cercetare pentru Amelio-rarea si producerea cartofului de samanta;
— Compartimentul de cercetare pentru Tehnologia culturii cartofului;
— Compartimentul de cercetare pentru biotehnologii;
— Compartimentul de cercetare pentru Amelio-rarea si tehnologia culturii sfeclei de zahar;
— Compartimentul de marketing cercetare.

Directia de dezvoltare:
— Ferma nr. 1 – Ferma vegetala;
— Ferma nr. 2 - Selectie taurine;
— Ferma nr. 3 - Hibridare, selectie curci;

Directia economica:
— Biroul financiar- contabil;

Directorul General mai are in subordine urmatoarele compartimente:
— Biroul resurse  umane;
— Biroul comercial - marketing;
— Compartimentul juridic;
— Compartimentul audit intern;
— Oficiul de calcul.